Parti Keadilan Rakyat lahir hasil gabungan dua buah parti politik di Malaysia, iaitu Parti Keadilan Nasional dan Parti Rakyat Malaysia (PRM).
Parti Keadilan Nasional lahir daripada gelombang Reformasi yang melanda negara selepas pemecatan Anwar Ibrahim daripada UMNO pada September 1998. Peristiwa tersebut menjadi titik kesedaran bagi rakyat Malaysia pelbagai kaum dan lapisan masyarakat.
Sekumpulan NGO dan Parti Pembangkang kemudian menubuhkan Gerakan Keadilan Rakyat Malaysia (GERAK). Pendokong Reformasi kemudiannya menubuhkan Pergerakan Keadilan Sosial (Adil) untuk memberi platform kepada perjuangan mereka.
Selepas itu, usaha menubuhkan parti politik menghadapi jalan buntu oleh Pendaftar Pertubuhan maka gerakan Reformasi mengambil keputusan untuk mengambil alih sebuah parti sedia ada iaitu Ikatan Masyarakat Islam Malaysia yang ditubuhkan pada 1990. Pelancaran Parti Keadilan Nasional diadakan pada 4 April 1999.
Parti Keadilan Nasional kemudiannya membentuk Barisan Alternatif dengan PRM, Parti Islam Se-Malaysia (PAS) dan Parti Tindakan Demokratik (DAP). Pada pilihanraya sulung pada tahun 1999, Parti Keadilan Nasional berjaya memenangi 5 kerusi Parlimen di Pulau Pinang, Kelantan dan Terengganu serta 4 kerusi Dewan Undangan Negeri di Selangor, Pahang, Pulau Pinang dan Perak. Pada pilihanraya kecil Lunas pada 2001, calon Keadilan, Saifuddin Nasution menewaskan calon Barisan Nasional dan menjadi ADUN kelima dari Parti Keadilan Nasional.
Jika Parti Keadilan Nasional menjadi peserta baru politik Malaysia, PRM pula peserta yang sudah berpengalaman dalam selok-belok politik negara. PRM ditubuhkan berikutan semangat menuntut kemerdekaan yang membuak-buak pada dekad-dekad 40an dan pengharaman suara progresif dalam politik negara, iaitu AMCJA-PUTERA. Pada 11 November 1955, PRM dilancarkan dengan dipimpin oleh Ahmad Boestamam dan Dr. Burhanuddin Al Helmy yang menjadi pemimpin PAS menyampaikan pidato utamanya.
PRM kemudian berjaya menjadi pemain politik utama negara, dan pada tahun-tahun 60an dan 70an mempunyai anggota dalam Parlimen dan beberapa DUN. Pilihanraya Majlis Perbandaran juga dimenangi oleh PRM di Pulau Pinang, Melaka dan Serdang.
Selepas Pilihanraya 1999, kesedaran timbul tentang keperluan Parti Keadilan Nasional dan PRM bergabung, berdasarkan komitmen mereka yang sama terhadap Reformasi, menentang ketidakadilan dan penyalahgunaan kuasa.
Pada 3 Ogos 2003 Keadilan dan PRM melancarkan Parti Keadilan Rakyat di Kuala Lumpur.
Pada waktu itu Pendaftar Penubuhan masih enggan meluluskan pendaftaran parti. Maka pada Pilihanraya Umum 2004, calon-calon PRM bertanding di atas platform Keadilan. Calon tunggal yang menang ialah Presiden Parti iaitu Datin Seri Dr. Wan Azizah di Permatang Pauh, Pulau Pinang.
Selepas Pilihanraya Umum 2004, akhirnya Parti Keadilan Rakyat diluluskan penubuhannya.
Parti Keadilan Rakyat mendapat suntikan baru selepas pembebasan Penasihat Parti, Datuk Seri Anwar Ibrahim yang didapati tidak bersalah daripada tuduhan jenayah pada 2 September 2004, selepas enam tahun di dalam tahanan dan penjara.
Pada bulan Mei 2006 semasa pilihanraya Sarawak 2006, Keadilan berjaya menawan 1 kerusi menerusi Dominique Ng yang memenangi kerusi tersebut mengalahkan penyandang, Lily Wong (SUPP-BN) di DUN Padungan.
